Mặc dù phần lớn người vô chính phủ ưu tiên những hoạt động theo đường lối hòa bình, ví dụ như tổ chức tuyên truyền, trong thời gian này nhiều người vô chính phủ chuyển sang thực hiện cách mạng theo xu hướng chủ nghĩa khủng bố và trở thành những người cộng sản vô chính phủ, hoặc ít nhất cũng đánh mạnh vào nhà cầm quyền trong nước. Những nhân tố của xu hướng đang trở nên mạnh mẽ này ở Nhật Bản bao gồm những vụ trấn áp sách báo và tổ chức xã hội chủ nghĩa (chẳng hạn như Đảng Xã hội Nhật Bản), và "luật cảnh sát giữ an ninh nơi công cộng" gây trở ngại lớn đối với các tổ chức công đoàn và các cuộc bãi công.

Trong một sự kiện được biết đến như "Đại nghịch sự kiện" (Taigyaku Jiken), cảnh sát đã bắt giữ năm người vô chính phủ vì sở hữu những thiết bị làm bom, nhằm thực hiện vụ ám sát Thiên hoàng Minh Trị (1851 - 1912).

Tiếp sau đó là một loạt vụ bắt giữ những người bất đồng chính kiến, trong số đó Kōtoku có lẽ là người nổi tiếng và có uy tín nhất. Mặc dù chỉ năm người có tội dựa trên những bằng chứng có tính thuyết phục, vào ngày 18 tháng 1 năm 1911 hai mươi sáu người vô chính phủ bị tuyên án - phần lớn dựa trên những chứng cớ gián tiếp. Hai mươi bốn người trong số họ bị kết án tử hình, mười hai người trong số họ bị hành quyết ngay - Kōtoku nằm trong số đó. Có thể ông đã biết về vụ mưu sát Thiên hoàng từ những giai đoạn đầu của nó, ông thực sự đã không tham gia.[4]

Kōtoku Shūsui bị treo cổ cùng với mười người khác vào ngày 24 tháng 1 năm 1911. Trong những người bị ghép tội "phản nghịch", một phụ nữ tên là Suga Kanno bị xử tử vào ngày hôm sau vì trời đã tối, chứ không phải là vì những lý do tế nhị

Vụ xử tử ông được công nhận rộng rãi là một vụ án xử oan, mặc dù vào năm 1965 Tòa án tối cao Nhật Bản khước từ lời đề nghị mở lại vụ án Kotoku Shusui và những người bị xử tử cùng ông, ông được xem là một liệt sĩ bởi những người vô chính phủ Nhật Bản và thế giới, đôi khi ông còn được so sánh với Sacco và Vanzetti.